Система управління Нивицької гімназії відповідає ст. 24 Закону України «Про освіту» № 2145-VIII від 05.09.2017 та Статуту закладу (затверджено рішенням позачергової 13 сесії 8 скликання Лопатинської селищної ради від 02.11.2021р.№24).
Управління Нивицької гімназії в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1) засновник: Засновником Нивицької гімназії є Лопатинська селищна рада Львівської області, заклад підпорядкований гуманітарному відділу Лопатинської селищної ради. Власник або уповноважений ним орган здійснює фінансування Закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів;
2) керівник закладу освіти: директорка Нивицької гімназії Коцупир Леся Петрівна. Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти;
3) постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти: педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу управління закладом;
4) колегіальний орган громадського самоврядування: Рада школи.
Вищим органом громадського самоврядування закладу освіти є загальні збори колективу, що скликаються не менше одного разу на рік. У період між загальними зборами діє рада закладу. Очолює раду закладу освіти голова, який обирається із складу ради;
5) органи самоврядування здобувачів освіти: учнівське самоврядування;
6) інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти. У закладі створені і діють піклувальна рада, учнівський комітет, батьківський комітет, методичні об’єднання, комісії, положення про які затверджено педагогічною радою та наказом по школі .